东晋灭亡后，南方先后出现宋、齐、梁、陈四朝，北方也先后产生了北魏、东魏、西魏、北齐和北周几个政权，史称“南北朝”。

宋、齐、梁、陈偏安江左，建都建康(今南京市)，合称“南朝”(公元420～589年)。四朝统治时期共170年。

北魏、东魏、西魏、北齐、北周五个王朝，合称为“北朝”(公元386～581年)。五朝在北中国统治的时间近200年。

这时期无论南朝还是北朝，地方官制都是州、郡、县三级制度，但是州、郡的辖境日益缩小，而数量大为增加。

南朝(宋、齐、梁、陈)与东晋一样，行政区划分为实州郡县、侨州郡县两种：㈠实州郡县，即一般州郡县，既有其人民，又有其土地；㈡侨州郡县，即故土沦亡，以原籍州、郡、县名寄治别处，只有侨民，而无土地。永嘉之乱以后，中原人民大批南迁。南朝为笼络人心、安置大族，便就地按流民原来籍贯在南迁之地设置原籍州、郡、县，仍用北方的地名称呼这些新设置的州、郡、县，它们便是侨州郡县。

州是最高一级的地方行政区划，行政长官为刺史，国都所在州的长官，一般称为牧。下设别驾，诸曹从事等。由于长年战乱，刺史多带将军称号，权重者更有“使持节都督某州或某某数州军事”等头衔。凡无“将军”等头衔的被称为“单车刺史”。为了限制刺史的权力，有时又特命刺史属官如别驾、长史等代行刺史职权，叫做“行事”；有时在刺史之下另设“典签”官以监督刺史。

州下为郡，其行政长官为太守，国都所在郡的长官一般称为尹。由于长年战乱，太守多带将军称号。

郡下为县，以县之大小分置令、长。

县下还有乡、里。