洪武二十五年(1392)，皇太子朱标去世后，他的第二子朱允文被立为皇太孙。洪武二十八年(1395)十六岁的朱允文册封马氏为皇太孙妃。是年，马妃怀孕，生长子文奎，六十八岁的朱元璋乐不可支。

洪武三十一年(1398)，七十一岁高龄的朱元璋崩。朱允文即位，是为建文帝。 　　第二年建文元年(1399)，册封马妃为皇后，长子朱文奎为皇太子。 　　建文元年(1399)七月，朱棣起兵反抗朝廷。经过三年恶战，朱棣终于攻陷南京。当时宫中起火，火海冲天，诺大的皇宫烧死多人。朱棣入宫后开始清宫搜捕建文帝和皇后。因烧死人众多，根本无法确认，只好胡乱抬出两具，由朱棣按照帝、后礼节予以安葬，然安葬地所在无人知晓，也没有追赠庙谥号。最可怜的是她的两个儿子，皇太子朱文奎当是仅是七岁的孩童也随他俩葬身火海，而两岁的小儿子朱文圭落在朱棣手中后被幽禁于中都广安宫，称为‘建庶人'。 　　一直到天顺元年(1457)英宗夺取帝位后才恢复其自由，并拨给宦官二十人、婢妾十余人。这时的他已被幽禁了五十五年，可怜得竟不能分辩马牛。不久便死去。