辖云南，贵州二省，治昆明，地位最为低下为总督之末。云贵总督，正式官衔为总督云南，贵州两地提督军务、粮饷兼巡抚事，是清朝九位最高级的封疆大臣之一，总管云南、贵州两省的军民政务。

顺治十六年，设立经略，然后改设总督。

康熙元年，分别设立云南总督，总督府驻曲靖；贵州总督，总督府驻安顺。康熙三年，取消云南总督，由贵州总督兼任，总督府迁贵阳。康熙十二年，又恢复云南总督，总督府仍驻曲靖。康熙二十六年，云南总督府迁云南府。

雍正十年，云贵总督兼辖广西。 雍正十二年，云贵总督恢复掌管两省。

光绪三十一年，云贵总督兼任云南巡抚。

清代历任云贵总督有：

蔡毓荣：

鄂尔泰：

鄂　宁：

王继文：

谭钧培：

觉罗长麟：

贺长龄：

林则徐：

吴文镕：

恒　春：

吴振棫：

刘源灏：

潘　铎：

劳崇光：

岑毓英：

魏光焘：

于振铎：

王文韶：

李经羲(末代总督)：